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On définit le microbiote comme l'ensemble des micro organismes (bactéries, virus, champignons, archées) vivant dans un écosystème donné. Plusieurs de ces écosystèmes coexistent dans l'être humain, intestinal, cutané, vaginal, oro-pharyngé, pulmonaire et, récemment découvert, cérébral. Dans son ouvrage Comment le microbiote gouverne notre cerveau, Denis Riché considère les interactions d'un être vivant avec son microbiote comme celles d'un organisme au sens fort du terme. Selon lui, l'individu et son macrobiote forment à eux deux un organisme original. Les gastro-entérologues ont coutume de présenter l'intestin comme le deuxième cerveau, tant cet organe est influencé par le stress et l'anxiété. De leur point de vue, les psychiatres distinguent entre les troubles psychosomatiques (c'est-à-dire les maladies somatiques préexistantes qui peuvent être réveillées ou majorées par des facteurs d'ordre psychique) et les troubles somatomorphes, lesquels expriment inconsciemment de façon somatique une difficulté psychique non verbalisable par le patient. Denis Riché propose une tout autre approche. En interrogeant " Monsieur le cerveau" selon sept axes (" Veuillez-vous présenter!" ; " Que mangez-vous?" ; " Comment vous développez-vous?" ; " Pourquoi déraillez-vous?" ; " Pourquoi êtes-vous stressé?" ; " Le sport vous fait-il du bien?" ; " Comment vous protéger?"), il définit un axe somato-psychique. L'itinéraire proposé est celui d'une question: comment le corps, en particulier, le microbiote intestinal, influence le bien-être du cerveau? Un exemple permet d'illustrer cette manière de voir. Un déséquilibre du microbiote peut empêcher une fraction du tryptophane d'être assimilé par l'intestin pour " subir une dégradation plus ou moins importante par certaines familles bactériennes, qui en tireront plusieurs dérivés, tels l'indican ou l'indol sulfate". Or, le tryptophane est l'acide aminé à partir duquel s'élabore la synthèse de la sérotonine dont le rôle au sein du système nerveux central est fondamental, notamment dans la gestion du stress. Le livre ne se présente pas comme un traité classique. Bien qu'abondamment fourni en références scientifiques, il fourmille d'exemples documentés issus de disciplines diverses ('micro' nutrition, neurosciences, psychologie, sociologie, anthropologie et environnement), dont plusieurs sont empruntés à l'activité sportive, il s'enracine aussi dans une culture de nutritionniste dont l'auteur est un spécialiste. Toutefois, les différentes disciplines brassées par l'auteur ne sont pas situées les unes par rapport aux autres. En particulier, il manque une théorie générale des rapports entre la " psyché" (l'âme) et le corps, ces deux principes étant entendus pour eux-mêmes et dans leur relation avec l'extérieur.