On en savait davantage sur le Sars-CoV2...

Après qu'un premier cas ait été signalé en Grande-Bretagne le 7 mai dernier, nous sommes aujourd'hui confrontés à la plus importante flambée épidémique de variole du singe jamais observée en-dehors du continent africain. D'abord circonscrite à l'Europe, la maladie n'a eu besoin que d'une quinzaine de jours pour se propager également aux États-Unis et au Canada. Le virus identifié dans plusieurs pays d'Europe ainsi qu'aux États-Unis est apparenté à une souche qui provoque régulièrement des épidémies en Afrique de l'Ouest, où sa mortalité dans les populations rurales pauvres reste inférieure à 1%. Cette souche occidentale est donc sensiblement moins dangereuse que celle qui circule en Afrique centrale, associée à une mortalité d'environ 10%. Les séquences d'ADN retrouvées en Europe sont toutes quasi identiques, ce qui donne à penser que l'infection s'est propagée au départ d'un seul et même patient. Elles sont aussi clairement apparentées aux séquences identifiées dans les cas sporadiquement observés en-dehors de l'Afrique en 2018 et 2019, qui étaient manifestement tous liés à des déplacements en Afrique occidentale. L'hypothèse la plus vraisemblable est donc que la personne - encore non identifiée - à l'origine du premier cas non africain de cette année a été contaminée lors d'un voyage en Afrique de l'Ouest. On pourrait toutefois aussi supposer que le virus de la variole du singe était déjà présent depuis un moment chez l'animal en dehors du continent africain, mais n'a été transmis à l'homme que récemment. C'est moins probable, car cela supposerait que notre espèce ait pendant tout un temps échappé à la contamination ; contrairement à ce qui se passe chez l'animal, il est en effet impensable que l'infection passe inaperçue chez l'homme en raison de ses lésions cutanées caractéristiques. Précisons encore que la propagation du virus de la variole du singe semble aussi avoir pris de l'ampleur en Afrique dans un passé relativement récent et que des cas ont été signalés ces dix dernières années dans plusieurs pays où la maladie avait disparu depuis des décennies. Y a-t-il des raisons génétiques à cette propagation aussi rapide que soudaine du virus en-dehors du continent africain? En apporter la preuve à brève échéance ne sera pas une mince affaire. Alors que 17 ans se sont écoulés depuis que les scientifiques ont pris conscience que deux souches distinctes circulaient en Afrique, nous ignorons encore et toujours quels sont les facteurs génétiques qui sous-tendent la létalité accrue de la souche d'Afrique Centrale. Le génome du virus de la variole du singe reste en effet largement inexploré, ce qui s'explique sans doute en partie par son ampleur exceptionnelle - il compte environ six fois plus de gènes que celui du Sars-CoV-2. Le virologue new-yorkais Gustavo Palacios a toutefois une autre vision des choses et souligne que les fonds disponibles pour la surveillance génomique en Afrique sont pratiquement inexistants. Pas étonnant, du coup, que les spécialistes en soient réduits à tâtonner, puisqu'ils ne disposent guère de données de séquençage qui permettraient de réaliser une comparaison avec le virus de la variole du singe qui circule actuellement en-dehors de l'Afrique. Ifedayo Adetifa, directeur du Nigeria Centre for Disease Control, abonde dans son sens. Les virologues africains se battent depuis des années pour faire financer la réalisation et la publication d'études sur la variole du singe, et ils sont manifestement piqués au vif par l'intérêt que les autorités de santé partout dans le monde portent soudain à la maladie depuis qu'elle s'est propagée au-delà des frontières du continent. Le réservoir naturel du virus en Afrique est une autre grande inconnue. On sait qu'il peut infecter des rongeurs, ce qui a amené les experts à recommander de faire surveiller par les autorités ou même euthanasier ceux qui pourraient avoir été en contact avec des personnes contaminées. Le risque que le virus soit transmis à l'animal puis retransmis à l'homme est cependant jugé peu élevé. Les singes non plus ne sont pas le réservoir de ce virus, qui doit son nom au fait qu'il a été découvert dans les années 50 à l'occasion de deux épidémies chez les primates d'institutions de recherche. Le virus de la variole du singe étant apparenté à celui de la variole humaine, on part du principe qu'il est vraisemblablement sensible aux mêmes vaccins. La dynamique est aussi très différente de celle du Sars-CoV-2. En raison d'une durée d'incubation relativement longue, les experts pensent en effet que le vaccin contre la variole du singe peut protéger contre l'infection lorsqu'il est administré dans les quatre jours qui suivent l'exposition. Le fait que de nombreux cas rapportés concernent des hommes ayant des rapports avec des partenaires du même sexe soulève la question de savoir si le virus n'a pas subi une mutation qui facilite sa transmission sexuelle. Néanmoins, le fait que l'infection soit propagée par des contacts physiques étroits suffit sans doute déjà à expliquer le phénomène.