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HPV-16, qui est sexuellement transmissible, est par ailleurs très probablement responsable de l'augmentation d'une forme particulière de cancer de la gorge : le cancer oropharyngé. Une équipe de chercheurs a recherché des liens entre des biomarqueurs de l'exposition au tabac (activement ou passivement) et la présence d'HPV-16 dans la bouche. 6 887 personnes de 14 à 69 ans ont participé à cette étude. Parmi celles-ci, 28,6 % consommaient du tabac, et 1 % d'entre elles étaient infectées par le HPV-16. En comparaison avec les non-fumeurs, on retrouve dans ce groupe un plus grand pourcentage d'hommes, d'âge jeune, moins éduqués et qui ont eu plus de partenaires ayant pratiqué le sexe oral. L'exposition au tabac (déclarée ou détectée biologiquement) et la pratique du sexe oral sont liés de manière significative à une infection orale par le virus HPV-16. La prévalence est plus élevée chez les consommateurs de tabac (2 %) que chez les personnes n'ayant jamais consommé de tabac, ou ayant arrêté leur consommation (0,6 %). Aux Etats-Unis, le nombre de cancers de la gorge a augmenté de 225 % entre 1974 et 2007. On estime qu'environ la moitié des cas est liée à une infection par le HPV-16. En 2011, en Belgique, 641 cas de ce type de cancer ont été recensés, dont une grande majorité (471) chez des hommes. On considère qu'une infection par ce type de papillomavirus serait responsable d'un quart de ces cancers, et on remarque que cette maladie survient souvent chez des sujets jeunes.