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Le Centre d'Histoire de la Résistance et de la Déportation est situé dans une partie des anciens bâtiments de l'ESSM, l'École du Service de Santé Militaire de l'armée qui forma médecins et pharmaciens de l'armée à partir de 1888. Le 11 novembre 1942, lorsque les nazis mettent fin à la Zone libre suite au débarquement des alliés en Afrique du Nord, le bâtiment est réquisitionné par la Gestapo qui y interroge et torture Juifs et résistants emprisonnés à Montluc. Parmi ces derniers, Jean Moulin, tourmenté à plusieurs reprises par Klaus Barbie, et qui finira par en mourir. Musée de la Résistance dès 1965, il devient Centre d'Histoire et de la Résistance et de la déportation en 1991. Une injustice réparée lorsqu'on sait que dès le 25 juillet, et la création de la zone libre, Lyon devient un lieu de refuge pour les Juifs, malgré les lois antisémites prises par Vichy. La ville accueille également nombre de réfugiés belges et des francs-maçons. L'ancienne capitale des Gaules, comme le montre très bien l'exposition permanente du musée dans une muséographie heureusement contemporaine, devient rapidement un lieu de résistance, comme le prouve des photos de statues badigeonnées du nom de Gaulle, d'affichettes et d'une presse clandestine: Le temps nouveau, Témoignage chrétien ou Le coq enchaîné démontrent l'activité résistante de la région dans laquelle fleurissent les maquis, comme celui du Vercors ou, immortalisé par des photographies, du Haut-Beaujolais. Évoquées également au travers de clichés, des figures de résistants au destin tragique comme Jane Sontag (qui fut fusillé près de Lyon, comme Marc Bloch à qui un petit espace est dédié) ou plus heureux comme Henri Krishner, tous deux de confession juive. Illustrée par ailleurs la collaboration, notamment celle de la police et la gendarmerie, avec parfois en leur sein, des actes de résistance. La déportation des résistants et des Juifs est évoquée, notamment au travers de dessins anonymes réalisés à Ravensbrück. Au travers d'écrits (lettre d'un jeune fusillé), d'objets (un morceau de parachute de Jean Moulin) de films sur l'occupation notamment à Lyon, et de reconstitution (la place de la Croix-Rousse décorée d'affiches, l'intérieur d'un appartement ou résonnent les appels à la résistance venus de Londres, une cave transformée en imprimerie clandestine), cette exposition permanente montre l'importance stratégique et tragique de Lyon dans le déroulement de la Seconde Guerre mondiale en France.