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S'il ne fait aucun doute que les aérosols jouent un rôle majeur dans la transmission du SARS-CoV-2, l'importance de la présence et de l'infectiosité de ce virus sur les surfaces environnementales, notamment en milieu hospitalier, reste moins claire. La plupart des recherches sur le sujet ont détecté des fragments d'ARN du virus sans pouvoir confirmer leur contagiosité.En avril 2020, une épidémie de Covid-19 parmi le personnel hospitalier a conduit une équipe interdisciplinaire de chercheurs de l'Université de Californie Davis à enquêter pour voir s'il y avait une contamination virale des surfaces fréquemment utilisées dans les zones de service aux patients Covid-19 et celle de réunion du personnel du centre médical UC Davis. A cette époque, le rôle des vecteurs passifs (surfaces) dans la propagation de la maladie était très débattu.Cette équipe a été la première à démontrer que les séquences du SARS-CoV-2 pouvaient être identifiées à partir d'écouvillons environnementaux prélevés sur les surfaces hospitalières.Les virologues de l'UC Davis ont collecté plusieurs échantillons au cours de la première (avril 2020) et de la deuxième (août 2020) vagues de Covid-19 à partir des surfaces et également des filtres d'aération de l'hôpital. Ils ont analysé les écouvillons de surface pour l'ARN du SARS-CoV-2 afin de vérifier l'infectivité et ils ont également évalué la pertinence de l'ARN pour le séquençage.Malgré une augmentation significative des cas de Covid-19 parmi les patients hospitalisés au cours de la deuxième vague, l'équipe a découvert que l'amélioration des pratiques de nettoyage et de gestion des patients en soins intensifs entre avril et août 2020 est associée à une réduction substantielle de la positivité au coronavirus des écouvillons collectés sur des surfaces hospitalières : de 11% à 2%. Même si les scientifiques ont récupéré des séquences génomiques presque complètes dans certains cas, aucun des échantillons positifs (11 sur 224 au total) n'a provoqué d'effets cytopathiques dans les cellules en culture, ce qui suggère que cet acide nucléique n'était pas associé à des virions intacts, ou que ces virions étaient présents en nombre insuffisant pour l'infectiosité. L'analyse phylogénétique a suggéré que les génomes du SARS-CoV-2 des échantillons positifs provenaient de patients hospitalisés. Le séquençage du génome a permis de détecter le coronavirus même à partir d'échantillons testés négatifs par des tests PCR.Cette découverte soutient l'hypothèse selon laquelle les surfaces contaminées ne constituent pas un mode majeur de propagation de la Covid-19. Ensuite, la méthode ici utilisée, le séquençage du génome effectué sur les échantillons d'écouvillonnage de surface, se révèle très performante et même informative : en identifiant des séquences génomiques virales précises, les chercheurs peuvent pratiquement suivre le virus à la trace et comprendre le comportement de l'infection et comment elle se déplace."La capacité d'identifier les séquences du génome viral à partir d'échantillons environnementaux peut avoir une grande importance pour la santé publique dans la surveillance des épidémies et le suivi de la propagation de nouveaux variants," a déclaré le Pr Haczku.(référence : PLOS ONE, 24 juin 2021, doi : 10.1371/journal.pone.0253578.)